$result = \Bitrix\Catalog\StoreProductTable::getList([
'select' => [
'PRODUCT_ID',
'STORE_ID',
// если надо сразу инфу по складу
//'STORE.*',
],
'filter' => [
'@PRODUCT_ID' => $productIds,
'>AMOUNT' => 0,
],
]);
$productStores = $result->fetchAll();