Если это NodeJS сервер, то:
1. Открыть и прочитать файл.
2. Отдекодить содержимое из JSON в объект.
3. Внести изменения в объект.
4. Заинкодить объект в JSON.
5. Записать JSON в файл.
Если браузерный JS, то браузерный не работает с файлами, он может получать и отправлять JSON только серверу. Но принцип преобразования будет тот же самый, за исключением пунктов 1 - получить JSON от сервера, 5 - отправить JSON на сервер.