по моему это связано с перерендерингом реактивных зависимостей, как минимум одна из причин. Т.е. если менять за один раз (например в результате какого-то респонса) значения нескольких ключей в store, то реактивные зависимости (к примеру computed или watch) будут срабатывать после изменении каждого из них. А если делать это через mutation, то реактивные зависимости отработают один раз, после завершения всех изменений в store