Потому что ни один успешный проект не начинается как "большая база данных". И дело тут не в том, что ни Java, ни C#, ни даже РНР не имеют никакого отношения к базам данных.
А в том, что успешные проекты начинаются не с "давайте сделаем большой проект", а с "давайте сделаем крутую штуку!"
Учитывая, что крутая штука делалась в вебе, а РНР был синонимом веб-разработки в то время, то выбор совершенно очевиден.
Ну и ещё потому, что рядом не случилось самозваного "гуру", который бы объяснил, что "большие базы данных надо делать на Java и C#"