Если у тебя на php написан веб сервис, он запускается и работает все время - то лучше все сразу загрузить, если же это php cgi и аналоги, когда на каждый запрос все заново загружается то лучше как советуют использовать autoload (особенно если обычно используется значительно меньшее количество классов чем есть)
p.s. разница между подходами на самом деле не значительная, советую провести бенчмарки, только не на пустом коде а в сравнении с остальным кодом типа работа с базами данных, разница будет на грани погрешности (только что если у тебя кодовая база мегабайты тогда да)