Все очень просто
у тебя есть 3 конфига
но есть и еще четвертый дефолтный
Смотри, апачь или nginx разбирается какой сайт отдавать по http запросу браузера, если прям совсем утрированно он заберает переменную хост из браузера и на его основе подставляет конфиг в котором этот хост указан.
пример nginx
server_name site.ru www.site.ru
И да ты отключил этот конфиг
в результате он видет обращение к себе но не знает какой конфиг подставить поскольку нет с данным хостом.
По этому он подставляет ты не поверишь default
<VirtualHost _default_:*>
...
оно же в nignx
server {
listen 80 default_server;
listen [::]:80 default_server;
А он в свою очередь ведет в какую-то папочку.
По сути это мусорка которая должна показыватьчто-то вроде здрасти апчь работает но хост не разобран.
Однако по стечению обстаятельств это первый конфиг который создает ( и единственный) по умолчанию веб сервр при установке.
Именно по этому ты можешь к нему обратиться по любому айпи по любому хосту и он тебе отдаст папочку /var/www
Короче сайт ты отключил
Убери блядство из /var/www
Рсскидай все сайты по отдельным конфигам и все.
p.s
ДА там есть еще такая же шляпа с https но там ваще пипец приколы
Там если ключа нет то он берет "ближайший по алфовитному порядку конфиг " и подставляет его.
И даже есть орегинальный способ борьбы с эти, к примеру в некотрых ОС default.conf называется 000-default.conf дабы нули явно будут раньше в алфавитном списке чем d в противном случае если один из сайтов не имеет https ( а отлкючить его физически нельзя одному сайту или у всех или ни у кого) то он может подхватить чужой сайт и показывать его контент, например если у тебя на сервере будет сайт ааа.ru то его конфиг подтянется как дефолтный для htttps и все сайты у кого нет https буудт показывать этот сайт напрочь игнорируя собственные конфиги
p.p.s
И да не заворачивайся с сайт включить выключить
a2dissite apt.example.com.conf
вся разница в том что в папке siet-enabled делается линка на паеку site-avalabled ( соответствующий файл естественно) и рестартуй апач
Эту же линку ты можешь сделать и руками,или попросту скопировать конфиг.
Все что в папке будет с названием *.conf будет прочтено
тебе остается только рлоад или рестарт апача сделать