Для подключения к серверу используется SSH. Настраиваете SSH, подключаетесь к серверу, устанавливаете на нем ноду. Наиболее правильный вариант: настроить на сервере автоматический деплой c гита (гитхаба, гитлаба, битбакета и т.п.) используя SSH ключ для деплоя. Чуть более простой вариант: настроить SSH ключь для деплоя из гита, далее просто заходите на сервер и ручками обновляете приложение и перезапускаете.