Клиент авторизуется через SSO при входе в систему (LDAP/AD), поэтому для веб-приложения вводить логин-пароль уже не требуется.
...
Есть ли возможность в Apache задать подобную схему?
Написать простенький PHP код, который будет давать каждому пользователю кукис с неким уникальным идентификатором и временем жизни ну допустим 15 минут. И далее все операции проводить исходя из этого идентификатора. А вообще задача слишком туманно сформулирована, все очень сильно зависит от того, на чем написан фрон и бэк и что в итоге надо от Апача. Апач же по сути это просто web-сервер, от него не требудется авторизация пользователей, это все решается на уровне бэк, через PHP или Node.JS к примеру.