Есть линукс сервер. На винде нужно подключиться к нему по sftp и редактировать там Java файлы, скомпилировать весь проект в jar файл и отправить изменённый файл на сервер. Попробовал Eclipse с плагином Remote System Explorer, но через каждое действие ошибка. Есть ли хорошая или даже лучшая альтернатива?
Для такой задачи предпочтительнее будет использовать системы сборки проектов, например Gradle. Это сделает ваш проект IDE-независимым. На сервере достаточно будет запустить сборку, а система далее сама скачает всё нужное и выполнит все необходимые операции.