Коротко говоря, надо разделить код на осмысленные блоки по темам, создать для каждой темы свой модуль и разнести по модулям выбранные блоки. Затем в основной модуль импортировать остальные модули, либо отдельные функции из тех модулей.
Сначала попробуйте на какой-либо простой модели из трех-четырех функций.