Отключенный объект просто не участвует в ряде просчетов. НАвскидку не будут выполняться:
- физика
- апдейт
- корутины
- всякие вещи связанные с пересчетом канваса
- рендер
- всякие куллинги и прочее.
Но при этом объект точно так же останется в памяти, у него точно так же будут все его поля и скрипты в памяти, к ним можно будет обратиться и методы точно так же выполнятся.