Если код приложения правильно полифилится, то дополнительный плагин не нужен (он уже есть в package lock, стянут пресетом babel).
А что нужно, так это включить для полифила плагины в node_modules, которые содержат не поддерживаемый (не транспилированный) код.
Это делается в конфигурации babel-loader (node_modules обычно исключены).
https://webpack.js.org/loaders/babel-loader/#usage