Есть ли какой то потайной смысл в объявлении переменных с такими именами как «__list__» ,"$this,$el" etc?
Я гуглил,но там ответы за 2008 год и рассказывается о jquery, но в проектах которое я это видел jquery не подключен.
Так все таки есть ли вэ том смысл?Это что-то означает или нет?
Никакого потайного смысла нет. Все дело в "принадлежности" к тому или иному функционалу дабы избегать переопределения переменных.
Во Vue например это сделано, чтобы обозначить зарезервированные свойства внутри компонента. Типа $ref, $root, $props и т.д