0. Получить SSH-доступ и подключиться.
1. Поставить нужную версию питона, если она не установлена. Если она доступна в репозитории, то использовать yum или apt-get, в зависимости от того какой дистрибутив linux установлен на вашей VPS.
2. Используя эту версию питона, запустить pip (python3 m -pip ......... ) чтобы поставить требуемые пакеты.
3. Запустить скрипт, используя эту версию питона (возможно придётся указать полный путь до исполняемого файла python).
4. Если нужно, чтобы скрипт запускался при рестарте VPS и работал в фоне, создать по образцу init.d скрипт или systemd модуль (в зависимости от дистрибутива), поместив в него команду запуска.