Пишу свой опыт:
Во-первых, у вас не слои а подслои, нужно каждый элемент вынести именно на слой (но это не точно, но хуже не будет)
Если при импорте а AE получается один слой и ничего не видно, попробуйте сохранить файл в иллюстраторе в более старой версии, мне помогло