Используй cow файловую систему (xfs или лучше btrfs), это исключит ситуацию когда контроллер на флешке, отвечающий за размазывание данных по ней, плохо это делает.
Флешки плохо переносят длительное время хранение, через год лежания на полке можно получить трупик (у меня две за несколько лет перешли в режим readonly и это повезло) и не факт что если часто подключать флешку, ситуация изменится, так как контроллер может быть не шибко умным.
p.s. как это ни странно, карты памяти, если не экономить и не покупать нонейм, обычно лучше по этому параметру, полагаю и с флешками то же самое, я обычно покупал не самые дешевые но с поддержкой usb3 и все равно получал проблемы.