Если хранить все в одном css/js то пока js загрузиться будет мелькать html сайта а после уже загрузочный экран будет
Critical CSS можно вставить инлайново в страницу в самом начале. Такое делают и на обычных сайтах, чтобы избежать просвечивания нестилизованного контента при загрузке страницы.
красивый загрузочный экран, стоит задача создать такой-же... стили и скрипты...
Скрипты здесь не нужны, можно все на CSS сделать (ну только потом, в основном скрипте, когда он загрузится, нужно будет убрать этот экран). А еще, как вариант, можно воспользоваться древней магией под кодовым названием SMIL для встроенной в страницу SVG-картинки с логотипом и надписью. Будет по сути то же самое, только сбоку.